Pesantren Wahid Hasyim dirintis oleh KH. Abdullah Hadi, seorang alumni pesantren Wonokromo, Bantul, pimpinan KH. Abdul Ghani. Selesai belajar Wonokromo tahun 1965, ia merintis sebuah Madrasah Diniyah bersama tiga orang warga masyarakat setempat.

Madrasah diniyah tersebut dibagi ke dalam tiga kelas. Tidak ada seleksi formal untuk kenaikan kelas di madrasah ini. Setiap santri yang telah selesai mempelajari satu kitab, boleh naik kelas untuk mempelajari kitab lain yang lebih tinggi. Hal ini berjalan selama tiga tahun, madrasah inilah yang merupakan cikal bakal pesantren.

Pada perkembangan selanjutnya, madrasah ini berubah menjadi Ibtidaiyah, dengan kurikulum Departemen Agama. Sejak saat itu, madrasah menerima bantuan guru negeri sebanyak tiga orang. Pada tahun 1973, sebuah sekolah PGA yang sedang mengalami krisis, bergabung dengan madrasah ini dalam pengelolaan KH. Abdullah Hadi. Di tangannya, sekolah PGA ini berhasl bertahan dan berkembang. Namun pada tahun 1980, PGA tersebut diubah menjadi Tsanawiyah dan Aliyah.

Pada tahun 1977, KH. Abudullah Hadi mendirikan sebuah pemondokan kecil untuk tempat bermukim lima orang santri. Sejak saat itu, jumlah santri terus meningkat. Pada tahun 1982/1983, jumlah mereka mencapai 112 orang. Untuk menampung mereka, pihak pesantren telah berhasil membangun 33 kamar santri. Sebagian besar merupakan pelajar dan mahasiswa di beberapa sekolah dan Perguruan Tinggi di Yogyakarta.

Selain itu masih terdapat santri non mukim yang diperkirakan berjumla 220 orang, terdiri dari orang tua, remaja, dan kanak-kanak. Juga masih ada sejumlah 224 orang murid Ibtidaiyah, Tsanawiyah, dan Aliyah yang berada di kompleks pesantren. Murid Ibtidaiyah sendiri berjumla 124 orang; 61 putra dan 63 putri. Tsanawiyah 68 orang; 33 siswa dan 35 siswi. Sedangkan murid Aliyah hanya 32 orang; 20 siswa dan selebihnya putri.

Para santri mendapat pengajian kitab secara tradisional. Kitab yang dipelajari antara lain Fathul Qarib, Ta'lim Mutaalim, Nashoihul Ibad, Bulughul Marom, Hidayatul Hidayah, Alfiyah dan lain-lain. Mereka juga memperoleh pelajaran tambahan berupa latihan berpidato dan seni membaca al-Qur'an. Bagi orang tua, pengasuh pesantren memberikan wirid thariqat.

Pesantren yang menempati tanah seluas 3.500 m2 (1982) ini lebih dikenal dengan sebutan "Pondok Gaten" karena terletak di dusun Gaten, Kelurahan Condonggatur, Kecamatan Depok, Sleman, sekitar 1 km dari kota Yogyakarta. Semua alat transportasi dapat menjangkau lokasi ini, meskipun jalan hingga tahun 1982 belum diaspal.

Fasilitas yang telah dimiliki sampai tahun 1982 antara lain sebuah masjid, sebuah bangunan asrama santri dengan 33 kamar, 6 lokal untuk madrasah (Ibtidaiyah pagi dan Tsanawiyah serta Aliyah sore hari) dan ruang sekretariat. Di samping itu telah dimiliki juga sebuah ruang tamu, dua lokal ruang dewan guru, fasilitas MCK, dan termpat berwudlu.

Pesantren Wahid Hasyim sendiri berdiri pada tanggal 11 Maret 1977 M/ 20 Rabiul Awwal 1397 H. dan terdaftar pada akta notaris (W22.Dd.UM.07.01-28 YK-94) dan menjadi Yayasan Pondok Pesantren Wahid Hasyim pada tanggal 12 Oktober 1994 M/7 Jumadil Ula 1415 H.

Pesantren ini sekarang diasuh oleh putera-puteri KH. Abdullah Hadi

Pendiri               : KH. Abdullah Hadi

Pemimpin           : Drs. KH. Jalal Suyuthi

Alamat               : Jl. KH. Wahid Hasyim No.3 Gaten Condongcatur Depok Sleman Yogyakarta 55283

Pengajar             : 12 Orang

Santri                 : 104 putera dan 49 puteri (2007)

Telp                   :  (0274) 484284