Program Islam dan Penguatan Hak-hak Reproduksi. Program ini dimaksudkan untuk melindungi hak reproduksi terutama perempuan. Bagaimana agar mayoritas muslim memandang reproduksi merupakan hak kehidupan yang dijamin dalam pandangan agama dan negara, karena itu perhatian terhadap hak reproduksi harus diwujudkan dalam tindakan nyata perlindungan terhadap proses reproduksi terutama perempuan. Program ini telah berhasil melakukan sosialisasi tentang hak reproduksi ke pesantren-pesantren dan terutama kepada para ibu nyai agar disosialisasikan kepada santri.

Program Fiqh Nisa (Fiqh Perempuan). Program ini secara umum berusaha memberi perlindungan kepada perempuan dari perspektif agama, terutama hukum Islam (fiqh). Bahwa perempuan adalah makhluk Allah yang setara dengan laki-laki, karena itu tidak boleh mendapat perlakuan secara diskriminatif. Program ini berhasil membangun kesadaran kesetaraan antara laki-laki dan perempuan di kalangan kyai dan santri.

Program Islam dan Penguatan Politik Kerakyatan. Program ini dimaksudkan untuk menekankan substansi kekuasaan negara, yakni untuk kepentingan umum (li masholih al-ro'iyyah). Kekuasaan di tingkat lokal sampai nasional bahkan internasional merupakan otoritas yang diberikan dalam rangka melayani dan melindungi semua elemen negara terutama yang lemah dan terpinggirkan. Karena itu, setiap muslim yang secara sengaja masuk dalam ranah kekuasaan negara harus serta menanamkan niat pengabdian untuk pelayanan kepada umat. Dan kepada masyarakat diminta untuk taat kepada negara hanya ketika negara mencukupi dan melindungi kepentingan warga negara. Masyarakat punya kewajiban bukan hanya membayar pajak, tetapi harus serius mengawasi perjalanan bernegara agar terus di rel yang benar, yakni untuk kepentingan warga negara (umat). Program ini menjaring peserta kalangan NU yang turut dalam partai politik, para kyai dan santri, dan masyarakat agama.

Program Pendidikan Pemilih untuk Rakyat. Di era reformasi sebuah jaringan yang terdiri dari Nahdlatul Ulama, Muhammadiyah, Interfaith, Ormas, Radio, dan LSM mengumpulkan ide dan gagasan dalam rangka penguatan politik masyarakat sipil dalam wadah Jaringan Pendidikan Pemilih untuk Rakyat (JPPR). Dengan visi dan tujuan yang sejalan, P3M bergabung dalam jaringan ini dari rumpun LSM.  

Program Santri Government. Program ini merupakan upaya menguatkan pendidikan demokrasi di kalangan santri. Program ini berusaha menguatkan pengetahuan santri tentang demokrasi (tata pemerintahan) dalam pesantren. Selain itu, para santri di 6 pesantren berusaha diajak melaksanakan langsung pemilihan lurah pondok oleh para santri. Program ini tidak mendapatkan penolakan dari pesantren, karena memang pada dasarnya demokrasi memiliki semangat yang tidak jauh beda dengan konsep syura dalam Islam. Di samping itu, pendekatan yang baik terhadap pesantren membuat program ini dan beberapa program lain di atas yang dilaksanakan pesantren tidak menemukan kesulitan.

Program Penguatan Jaringan Islam Emansipatoris. Islam emansipatoris berbeda sama sekali dengan ramainya jargon islam liberal atau yang seirama. Islam emansipatoris memahami teks suci sebagai bahasa komunikasi kasih sayang Tuhan kepada manusia. Manusia adalah sasaran al-Quran atas segala peraturan di dunia yang mengembangkan kesetaraan, keadilan, toleransi, dan perhatian terhadap lingkungan. Program ini berusaha mengembangkan wacanamaqshid al-syari'ah (tujuan syariat) adalah untuk kemaslahatan manusia. Sasaran strategis program ini adalah santri dan mahasiswa.

Program Gerakan Anti Korupsi Berbasis Pesantren. Program ini merupakan bagian dari komitmen untuk berkontribusi bagi tata pemerintahan yang bersih dan adil. P3M memilikiconcern bagaimana penyelenggaraan negara di tingkat lokal sampai nasional benar-benar untuk perlindungan terhadap warga negara terutama yang miskin dan lemah. Perhatian utama program ini adalah bagaimana penganggaran di tingkat lokal (APBD) benar-benar memiliki fokus untuk pemberdayaan dan perlindungan warga negara terutama yang miskin. Ukurannya adalah alokasi anggaran dan peruntukan (penerima manfaat) yang sebesar-besarnya untuk mayarakat. Dan salah satu alat untuk mendukung usaha tersebut adalah bagaimana anggaran tidak dikorupsi, melainkan disalurkan sebesar-besarnya untuk masyarakat terutama yang miskin dan lemah. Dalam program ini, P3M telah bekerjasama dengan elemen pesantren, Pengurus Cabang NU, dan masyarakat lintas agama di 9 kabupaten di Jawa (Cianjur, Garut, Ciamis, Brebes, Jepara, Pati, Lamongan, Blitar, dan Sumenep).

Program Islam dan Penegakan Hak Asasi Manusia (HAM). Program ini berusaha menguatkan pemahaman tentang hak asasi manusia, dan terutama dikaitkan dengan kewajiban keagamaan untuk menegakkan 5 hak dasar manusia (al-dloruriyyat al-khomsahatau al-huquq al-insaniyyah yang meliputi hifdz al-din, hifdz al-'aql, hifdz al-nafs, hifdz al-'irdl wa al-nasl, dan hifdz al-mal). Dalam program ini diharapkan para santri senior di beberapa pesantren bukan hanya memahami secara konsep dan membandingkan antara konsep HAM secara umum dan Islam, tetapi bagaimana menjadikan penegakan HAM sebagai bagian dari spirit pelaksanaan agama, dan karena itu para santri dengan cara dan kapasitasnya turut menegakkan HAM. Pilihannya bisa fokus pada pemenuhan hak sipil dan politik, ekonomi, sosial, dan budaya.

Program Pendampingan Ekonomi Masyarakat. Saat ini P3M mengembangkan upaya penguatan ekonomi masyarakat secara langsung. Pendampingan ekonomi menjadi model yang dipilih untuk menguatkan ekonomi masyarakat. Saat ini lebih dari 15 kabupaten telah berjejaring dengan P3M untuk mengembangkan model pertanian organik yang murah dan berhasil guna tinggi, mengembangkan pengembangan industri kelapa, mengembangkan pupuk organik, dan lain-lain. Untuk kepentingan pendampingan ini, P3M menggunakan pendekatan langsung dengan masyarakat dan mengajak masjid-masjid sekitar agar turut serta dalam upaya penguatan ekonomi masyarakat.