Terletak di Selatan Kota Yogyakarta, sekitar 5 Km dari pusat kota di jalur menuju pantai wisata Parangtritis, Pesantren al-Munawwir dipimpin oleh K.H. Ali Ma’shum Rois Aam PB Syuriah Nahdlatul Ulama (1983).

Nama al-Munawwir yang diabadikan sebagai nama pesantren, berasal dari nama cikal bakal/pendiri pesantren, K.H M. Munawwir.

Pada tahun 1911, sepulang dari belajardi Mekkah selama 21 tahun, KH. Munawir yang tinggal di kampung Kauman, Yogyakarta (di belakang Masjid Agung alun-alun Yogyakarta) membuka pengajian di rumahnya. Kian hari santri terus bertambah, dan rumah Kyai tak mampu lagi menampung. Maka dipindahkanlah tempat pengajian itu ke desa Krapyak Kulon. Beberapa bangunan pondok yang dibangun di tempat baru inilah yang kemudian dikenal sebagai kompleks Pondok Pesantren al-Munawwir Krapyak.

Pada awal berdirinya, pesantren ini menekankan pengajaran al-Qur’an, baik secara binnadhar degan membaca langsung, bilghoib, hafalan. Kemudian dari pelajaran bilghoib ini dilanjutkan dengan pelajaran qiraat sab’ah, tujuh macam bacaan al-Qur’an. Melengkapi pelajaran al-Qur’an, diberikan pula pelajaran berbagai kitab fiqh, tafsir, dan kitab-kitab agama lainnya. Setelah KH. Munawwir wafat (1942), kepemimpinan pesantren dipegang tiga orang, masing-masing KH. Abdullah Affandi, KH. Abdul Qadir (keduanya putra KH. Munawir) dan KH. Ali Ma’shum (menantu KH. Munawwir, putera KH. Ma’shum Lasem).

Tiga serangkai inilah yang kemudian mengembangkan pesantren al-Munawwir Krapyak dengan pembagian tugas: KH. Abdullah Affandi sebagai ketua Umum, KH. Abdul Qadir penanggung jawab pengajian al-Qur’an dan KH. Ali Ma’shum penanggung jawab pengajian kitab-kitab.

Masa kepemimpinan tiga serangkai ini bertepatan dengan pecahnya perang revolusi fisik untuk merebut kemerdekaan Indonesia. Sejumlah santri bergabung dalam laskar-laskar perjuangan mempertahakan kemerdekaan.

Kini (1986, ed.) tinggal KH. Ali Ma'sum yang memimpin pesantren Krapyak. KH. Abdullah Affandi dan KH. Abdul Qadir telah meninggal dunia. Untuk tugas mengasuh pesantren sehari-hari, KH. Ali Ma'shum dibantu antara lain oleh KH. Warson Munawwir, KH. Dahlar Munawwir, K. Najib Abdul Qadir, KH. Zainal Abidin Munawwir, KH. Ahmad Munawwir, KH. Zaini Munawwir, ditambah sekitar 25 ustadz.

Jumlah santrinya sekitar 700 orang, (1986, ed.) berasal dari berbagai daerah di Indonesia dan beberapa di antaranya dari luar negeri. Jumlah ini belum termasuk santri puteri, sekitar 75 orang yang menempati pondok Barat, sekitar 500 m seberang pesantren putera. Para santri yang ada di pesantren Al-Munawwir bisa digolongkan menjadi tiga. Pertama, santri biasa. yakni selain belajar mengaji juga belajar di madrasah Tsanawiyah atau Aliyah di lingkungan pesantren. Kedua, santri takhasus, yakni khusus mengaji dan menghafal al-Qur'an. Ketiga, santri yang tinggal dan mengaji di pondok sambil belajar di berbagai sekolah atau Perguruan Tinggi luar lingkungan pesantren. Santri puteri umumnya adalah menghafal al-Qur'an.

Semua santri selain diwajibkan mengikuti kegiatan pengajian yang diadakan oleh pesantren menurut tingkatannya juga diharuskan mengikuti berbagai kegiatan ekstrakurikuler dan ketrampilan. Pengajian diberikan dalam bentuk sorogan, bandungan, wetonan, muhadloroh/pembahasan kitab, dan lain-lain. Pelajaran ekstra dan ketrampilan yang diberikan antara lain latihan berorganisasi dan kepemimpinan, khitobah (latihan berpidato), praktek ibadah, memimpin tahlil, seni baca al-Qur'an, olah raga, bakti masyarakat dan kecakapan berbahasa Arab.

Kegiatan bakti masyarakat umumnya dilakukan oleh santri senior yang tergabung dalam Korp Dakwah Mahasiswa (KODAMA). Setiap Kamis malam mereka memberikan penyuluhan dan bimbingan agama kepada masyarakat di sekitar Yogyakarta, yang mempunyai sekitar 40 kelompok pengajian.

Beberapa perkembangan yang bisa dicatat antara lain: tahun 1984 mendirikan Madrasah Ibtidaiyah, tahun 1951 mendirikan madrasah Tsanawiyah, dan Madrasah Haffadz (madrasah menghafal al-Qur'an). Saat ini kegiatan pendidikan di pesantren ini meliputi Taman Kanak-kanak, Madrasah Diniyah Tsanawiyah, Aliyah, Madrasatul Banat, Madrasatul Huffadz, pengajian khusus Bahasa Arab dan syariah, pengajian kitab dan sebagainya. Pelajaran di madrasah-madrasah dikenal adanya ijazah, namun bagi santri takhasus itu tidak ada.

Beberapa sarana fisik yang terdapat di kompleks pesantren yang luasnya sekitar 3 hektar ini antara lain: gedung-gedung sekolah, masjid, bangunan asrama/pondok, perumahan ustadz, dapur, dua lapangan bulutangkis, lapangan voly, lapangan sepak bola, tenis meja dan lain-lain.

Juga terdapat perpustakaan yang hampir semua buku/kitab yang ada berbahasa Arab. Untuk melayani kebutuhan para santri sudah ada toko pesantren.

Biaya kehidupan pesantren diperoleh dari kekayaan Kyai, harta waqaf serta sumbangan santri dan para donatur sukarela.

Pesantren al-Munawwir merupakan pesantren terbesar di DIY. Ratusan santri yang pernah belajar di sini kini tersebar di berbagai daerah di berbagai daerah, baik pemerintah maupun luar pemerintah. KH. Abdurahman Wahid (Gus Dur), pemimpin dan tokoh intelektual NU, juga pernah belajar di pesantren ini.

Pesantren al-Munawwir, Krapyak, Panggungharjo, Bantul

Pendiri           : KH. Munawwir

Pemimpin       : KH. Zainal Abidin Munawwir

Santri             : 750 Putra dan 900 Putri (2006-2007)

Alamat           : Tromol Pos No. 5 Krapyak Panggungharjo Bantul 5550255002 

Telp               : (0274) 383768 

Faxs               : (0274) 384095