"Beliau wafat malam ini pada pukul delapan lewat tiga puluh menit atau setengah sembilan tadi. Beliau wafat pada usia enam puluh dua tahun," terang Kepala Seksi Penerangan Pondok Pesantren Lirboyo Arief Nur kepada NU Online melalu sambungan telepon seluler. 

Arief juga mengatakan, hingga Minggu dinihari jenazah almarhum masih dalam perjalanan menuju rumah duka dari Surabaya. Untuk penyakit yang diderita almarhum,  di antaranya disebutkan paru-paru basah, diabetes dan tumor paru. "Sakitnya komplikasi. Selain Beliau yang juga memang sudah sepuh. Sejak setahun terakhir Beliau memang sudah keluar masuk rumah sakit," imbuhnya. 

Untuk lokasi pemakaman, Arief juga mengatakan, hingga saat ini belum ditetapkan tempat yang pasti. Keluarga besar Pondok Pesantren Lirboyo menginginkan almarhum dimakamkan di pemakaman keluarga, namun berdasarkan wasiat yang disampaikan, almarhum ingin dimakamkan di salah satu tanah yang dimiliki dan nantinya didirikan pesantren baru. 

"Untuk lokasi pemakaman masih dibahas oleh keluarga besar Lirboyo. Semoga akan dihasilkan titik temu yang terbaik," tuntas Arief. 

KH. Imam Yahya Mahrus meninggalkan seorang istri, Nyai Hj. Zakkiyatul Miskiyyah dan enam orang anak yang terdiri atas enam putra dan dua putri. Selain menjadi pengasuh sekaligus pimpinan Pondok Pesantren HM Al Mahrusiyyah, Lirboyo, almarhum juga tercatat sebagai rektor Institut Agama Islam Tribakti (IAIT) Kediri.